16/29 июля 1845 года в старинной дворянской семье родилась будущая схимонахиня София, в миру – София Михайловна Болотова. По линии отца она принадлежала к роду Болотовых, верно служивших Православию и престолу в воинском звании. Её дед, Андрей Тимофеевич, ученый-энциклопедист, автор выдающихся «Записок», из которых Россия того времени черпала знания о достижениях современной науки. Отец Софии Михайловны, Михаил Павлович, служил титулярным советником, участвовал в проектах освобождения крестьян. Жена его, Александра Дмитриевна, также имевшая дворянские корни, была глубоко верующей, шумной светской жизни предпочитала тихую семейную. Последние годы своей жизни она всецело посвящала молитве, мало заботясь о дальнейшей судьбе детей, поручая их всецело Богу. Знакомые нередко смеялись, что она предпочитает все вымаливать у них у Бога.
Юная София, обладая хорошими природными способностями, легко усваивала учение и, казалось, не было той области, в которой она не обнаружила своих незаурядных дарований. Однако, часто она не могла сосредоточиться на каком-либо предмете, меняя свои занятия, словно ища того, что потребовало бы от нее напряжения всех ее выдающихся природных сил. Этим София Михайловна огорчала родственников, но на деле частые увлечения были поиском выбора жизненного пути, впоследствии приведшим ее к монашеству.
Чрезвычайно впечатлительная и красивая собой, то веселая, то сосредоточенная в себе, горячая и вспыльчивая и вместе с тем замечательно добрая и решительная, она производила на всех знавших ее самое сильное впечатление.
Стремясь к духовному совершенству, она часто уединялась для молитвы. Однажды тайно от родных уехала в город Епифань Тульской губернии и, поселившись близ храма у монахинь, провела в молитве весь Великий пост.
В 1875 году София Михайловна вышла замуж за Андрея Николаевич Янькова. Но их семейная жизнь оказалась недолгой. Спустя три дня после кончины супруга у нее родилась дочь Надежда, о которой матушка говорила: «Ты будешь девочка Божия и никаких материнских прав на тебя иметь я не буду, но сама Царица Небесная управит твою жизнь по воле своей».
Будущая монахиня София много занималась благотворительностью в отношении обездоленных детей сирот и неимущих крестьян, но всегда делала это втайне.
Однажды посетив старца Амвросия в Оптиной пустыни, она постигла своей душой, что он имеет великую духовную силы, и она искренне вверила ему свою жизнь, открыв давнее желание монашества. Батюшка подверг Софию Михайловну тяжкому испытанию, которое стало подготовкой к полному отречению от своей воли. Ей пришлось из одного послушания выйти вторично замуж за больного человека, за которым она ухаживала с истинно христианским терпением.
В это время преподобный Амвросий начал устраивать женскую общину близ Шамордина и многие обязанности с большой ответственностью и любовью несла его верная ученица. Старец не раз говорил, что другой такой послушницы, как она, у него не было и не будет.
По смерти мужа, 4 сентября 1884 года старец облек Софию Михайловну в монашеское одеяние и сделал представление о назначении ее первой начальницей Казанской общины. Монахиня София безропотно приняла это послушание и терпеливо несла все лишения, связанные с нехваткой средств на самое необходимое для сестер.
Много батюшка посылал в обитель крепких и здоровых девушек, но не менее больных и увечных, не способных ни к какому физическому труду. Матушка старалась утвердить сестер в истинно святоотеческом понимании монашества как подвига любви к Богу и людям, подвига смирения и покаянной молитвы.
К себе она была чрезвычайно строга: одежда ее была груба, в пище соблюдала воздержание, церковную службу любила и говорила, что в церковь нужно спешить как на пожар. Сестер матушка любила и знала нужду каждой, подолгу живя в сестринском корпусе. Жалоб матушка не терпела и говорила: «Кто оправдывает себя – тот и виноват». Особенно строго она следила, чтобы сестры ни о ком не говорили дурно, так как это противно любви и еще потому, что невозможно знать душу другого человека и получение им прощения от Бога. Сестры платили матушке самой преданной любовью и не было, кажется, среди тогдашних насельниц ни одной, которая искренно не любила бы ее.
Не могла монахиня София обойти заботой брошенных, обездоленных детей, из которых в Шамордине образовался приют.
Матушка придавала первостепенное значение молитве, как главному монашескому деланию. При увеличивающемся количестве сестер, она прежде всего заботилась о возведении большого каменного собора, ради строительства которого построили кирпичный завод.
Матушка неутомимо трудилась и совсем не жалела себя. В осеннее ненастье ходила по всей обители, следя за работами, и уже к ночи возвращалась в келью. Такие труды и подвижническая жизнь вскоре сломали матушкино здоровье. Она таяла как свеча, но никто не слышал от нее гласа нетерпения и ропота.
Через год после назначения с матушкой был легкий нервный удар, сопровождавшийся сильными головными болями. В это время отец Амвросий постриг свою любимую духовную дочь в великий ангельский чин. После принятия схимы матушка стала искать уединения и попросила выстроить для нее небольшую келью на краю оврага с окнами в лес. Нередко она молилась там ночи напролет, но утром сестры заставали ее как будто спящей, и только догоревшие свечи и смоченный слезами платки помимо ее воли свидетельствовали о том даре слез, который она сподобилась получить от Бога.
Едва оправившись после удара, матушка вновь взялась за дела. Приехав как-то в Оптину пустынь к старцу, она почувствовала себя настолько дурно, что должна была слечь в постель.
Болезнь быстро развивалась, причиняя ей большие страдания. В те дни старец Оптиной Анатолий (Зерцалов), духовник Шамординских сестер говорил: «Правда, она нам еще нужна. Такое доверие, какое имеют к ней трудно приобрести. Я иногда скажу кому-либо сделать так, а мне и говорят: я еще матушку спрошу, как она благословит».
24 января/6 февраля 1888 года в восемь часов утра матушка тихо скончалась, предав Богу свою чистую душу. Батюшка Амвросий, сильно опечаленный кончиной своей духовной дочери, на ее могилке со слезами повторял: «Ах, какая это была мать!». Матушкиной сестре, Елене Михайловне, говорил: «Помни, что мать София свята!». Старец часто посыла больных и недужных на ее могилку, и они получали исцеление или облегчение своим душевным и физическим недугам.
И доныне матушка слышит просьбы всех с верою обращающихся к ней сестер монастыря и многочисленных паломников и многие скоро свидетельствуют о получении чудесной помощи.