Казанская Амвросиевская женская пустынь имеет ставропигиальный статус, т.е. относится к монастырям, подчиненным непосредственно Патриарху Московскому и всея Руси. Слово ставропигия переводится с греческого как «водружение креста», это указывает на то, что в ставропигиальных монастырях в древней церкви крест водружался патриархами собственноручно. В современной церкви (соответственно, в Шамордино) эта традиция поддерживается тем, что Патриарх, или Патриарший местоблюститель, лично освящает все храмы, благословляет совершение постригов, утверждает все важные назначения в монастыре. В действующем Уставе Русской Православной Церкви, говорится: «Ставропигиальные монастыри находятся под начальственным наблюдением и каноническим управлением Патриарха Московского и всея Руси или тех Синодальных учреждений, которым Патриарх Московский и всея Руси благословит такое наблюдение и управление». Назначение статуса ставропигии для монастыря, а также назначение его наместника (настоятельницы) обычно осуществляется на основании определения Священного Синода РПЦ. Святейший патриарх официально считаетсяСвященноархимандритом ставропигиального монастыря, его имя возносится за богослужением.
В Шамордино свято чтут память ныне почивших первосвятителей Московских, стоявших у истоков возрождения и обустройства обители в конце ХХ века. Указ о возрождении монашеской жизни в Казанской Амвросиевой женской пустыни был подготовлен еще при жизни Святейшего Патриарха Пимена и подписан им за несколько дней до блаженной кончины. Наследовавший ему Патриарх Московский и всея Руси Алексий Второй в течение восемнадцати лет принимал самое деятельное отеческое участие в судьбе обители, пользуясь у сестер искренней любовью и почитанием. В настоящее время столь же непосредственную и живую связь между обителью и главным престолом Русской Православной Церкви осуществляет ее правящий Предстоятель Святейший Патриарх Кирилл.
Первый пастырский визит Его Святейшества в Шамордино состоялся 27 мая 2010 года в день празднования 20-летия со дня возрождения обители. При личном и близком общении Святейший произвел на нас глубокое и яркое впечатление очень современного человека и сильного духом архипастыря, чье слово исполнено духовной красоты, мудрости и отеческой любви. Прощаясь с нами он просил келейно молиться за него, с тех пор сестры ежедневно полностью прочитывают за Святейшего Псалтирь (по одной кафизме на сестру), поминая его на каждой славе, что еще более усиливает наше духовное родство и искреннее дочернее почтение к Предстоятелю.