Первой настоятельницей нашего монастыря со времени его основания преподобным старцем Оптинским Амвросием была его духовная дочь схимонахиня София. Она происходила из древнего благочестивого дворянского рода. Еще до открытия обители много сил и времени отдавала ее устройству. В день открытия обители 1/14 октября 1884 года была назначена ее настоятельницей. Преосвященный епископ Трифон (Туркестанов), в 1884-1888 годах бывший послушником в Оптиной пустыни и духовным чадом старца Амвросия, лично знавший матушку Софию, писал: «Небогатое достоянье досталось первой настоятельнице матери Софии: – деревянный дом, с домашней церковью, да несколько деревянных хижин для жилья сестрам. Вот и все! Ни денег, ни имущества, ни каких-нибудь запасов, а, между тем, население общины с каждым днем все увеличивалось. – Много посылал старец здоровых и крепких девушек, способных к работе, в монастырь, но не менее (если не более) – больных, увечных, неспособных ни к какому труду. <…> население Шамордина все увеличивалось, а средства к существованию все уменьшались. Но не такова была начальница Шамординской обители, мать София, чтоб смутиться и пасть духом пред этими затруднениями <…>. Представительной наружности, с твердым характером, пламенной верой в Бога и глубокой покорностью к старцу, она все могла перенести во славу Божию и на пользу вверенной ей обители…».
Только горя пламенной верой и любовью ко Господу, непреложным упованием на Его милость, возможно было понести труды настоятельства в такой обители. Это – крестный подвиг, к несению которого матушка София имела сердечное расположение и была приуготовлена исполнением на деле добродетелей милосердия, сострадания и самоотречения в служении ближним. Входя во все тонкости монастырского хозяйства, она заботилась и о духовном воспитании сестер, ведя их по пути спасения в Господе нашем Иисусе Христе. Старалась утвердить их в истинно святоотеческом понимании монашества как подвига любви к Богу и людям, подвига смирения и покаянной молитвы. Любя всем сердцем Старца и будучи глубоко преданной и послушной ему, она своим примером воспитывала и вразумляла сестер.
Придавая первостепенное значение молитве как главному монашескому деланию, при постоянно увеличивающемся числе сестер (к 1888 году в обители их было 250), матушка София заботилась, прежде всего, о возведении большого каменного Казанского собора, разбивка фундамента которого была сделана под ее непосредственным руководством и затем изготовлен его проект. При ней был построен кирпичный завод, где специально изготовляли строительный материал для будущего собора. На устроение обители матушка София использовала все свои личные средства и обители завещала все свое состояние. Ее стараниями были также устроены две деревянные часовни во имя святителя Амвросия Медиоланского и преподобного Тихона Калужского; открыта богадельня, построена водокачка и многие хозяйственные постройки, сестринские келии, устроены скиты, золотошвейная мастерская, положено начало иконописной мастерской. Также были открыты детские ясли и затем приют, при котором была начальная школа, где сестры занимались с детьми первоначальным обучением чтению и письму, Закону Божию, что было в духе древних монастырских традиций, о которых говорили святые отцы Церкви Василий Великий и Иоанн Златоуст.
Но самое главное, матушка София под водительством старца Амвросия в основание нашей обители заложила личный подвиг послушания, смирения и любви. Сколько душ было спасено и спасается сейчас в нашей обители, устроенной ее трудами! Сколько исцелений получают болящие по ее молитвам!