В миру Василий, родился 1 января 1848 г. в семье священника Никифора Богоявленского, впоследствии также принявшего мученическую кончину. С детства Василия отличали скромность и чистосердечность.
После Духовного училища и семинарии в Тамбове он в 1874 г. окончил Киевскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия и получил назначение преподавателем в родную семинарию. 31 января 1882 г. Василий Никифорович Богоявленский был рукоположен во пресвитера в Покровской соборной церкви г. Козлова и вскоре назначен настоятелем Троицкого храма и благочинным городских церквей. С начала своего пастырского служения он в полноте проявил административные способности и стяжал любовь и уважения клира и мирян.
В трагической смерти жены и единственного ребенка молодой священник усмотрел Промысл Божий. Поступив в Тамбовский Казанский монастырь, он 8 февраля 1886 г. принял иноческий постриг с именем Владимир, на следующий день был возведен в сан архимандрита, назначен настоятелем Троицкого Козловского монастыря, а в октябре того же года – настоятелем Антониева монастыря в Новгороде Великом.
3 июня 1888 г. в Александро-Невской лавре архимандрит Владимир был рукоположен митрополитом Новгородским, Санкт-Петербургским и Финляндским Исидором († 1892 г.) и другими иерархами во епископа Старорусского, викария Новгородской епархии. Преосвященный Владимир проявляв постоянную заботу об устроении церковноприходской жизни, уделял особое внимание духовно-нравственному просвещению мирян.
19 января 1891 г. святитель Владимир был назначен на Самарскую кафедру. В то время губернию поразила эпидемия холеры и неурожай. Власть терялась и первый пошел к народу с крестом в руках епископ Владимир, явившись в тяжелую минуту его истинным печальником и крепкой нравственной опорой. Святитель повсюду стремился быть вместе с паствой: совершал о почивших панихиды на холерном кладбище, служил на площадях города молебны об избавлении от бедствий, безбоязненно посещал холерные бараки в местах, охваченных эпидемией. В те тяжелые дни владыка Владимир много внимания уделял и духовному образованию, катехизации населения.
С 18 октября 1892 г. в течение шести лет святитель Владимир управлял Грузинским экзархатом в сане архиепископа Карталинского и Кахетинского. Возглавляя Тбилисскую кафедру, он неустанно трудился над духовным просвещением разноплеменного населения, укреплением и распространением православной веры на Кавказе. В результате его неутомимых трудов было построено и возобновлено более ста храмов, в том числе много старинных, заброшенных; открыто свыше 300 церковноприходских школ, устроена Духовная семинария в Кутаиси.
С 21 февраля 1898 г владыка Владимир – митрополит Московский и Коломенский.
Будучи духовным руководителем великой княгини Елизаветы Феодоровны († 1918 г., память 5/18 июля и в день Собора новомучеников и исповедников Российских), митрополит Владимир оказал ей содействие в основании Марфо-Мариинской обители.
23 ноября 1912 г. высокопреосвященный Владимир был назначен митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским с присвоением ему звания и прав первенствующего члена Священного Синода.
Святейший Патриарх Тихон позднее так говорил о деятельности владыки Владимира в тот период: «Он был верен канонам Святой Православной Церкви, преданиям отеческим и безбоязненно и смело, честно и благородно исповедовал эту снедающую его ревность перед всеми, какими бы последствиями это не сопровождалось».
Три года управления тогдашней столичной епархией оказались чрезвычайно трудными для него: в городе усиливалось влияние «распутинщины», явственно ощущалась гибельность последствий ее проникновения в церковные и государственные дела, в жизнь царской семьи. За открытое неприятие и осуждение Распутина святитель Владимир впал в немилость и в ноябре 1915 г. переведен в Киев.
Октябрьский переворот 1917 г. вызвал нестроения в церковной жизни на Украине. Состоявшийся в то время в Киеве епархиальный съезд клира и мирян образовал самочинное управление и призвал к созданию «независимой» Украинской Церкви. Выступая против переустройства уклада жизни епархии и неканонических действий по образованию автокефалии, митрополит Владимир призывал пастырей и пасомых избегать вражды и препятствовать расколу, сохраняя Церковь в единстве и чистоте Православия.
С приходом в Киев гражданской войны и захватом большевиками города начались невиданные там дотоле грабежи и насилия, сопровождавшиеся осквернением монастырей и храмов, святынь Киево-Печерской Лавры.
25 января 1918 г. вооруженные люди ворвались в покои митрополита Владимира и после издевательств над ним вывели его за стены лавры и расстреляли. Перед смертью архипастырь совершил молитву, благословил своих убийц и сказал: «Господь вас да простит». Найденное братией его тело было изувечено множеством колотых и огнестрельных ран. Мученическая кончина святителя Владимира явилась началом длительного периода гонений на Русскую Православную Церковь, во время которых бесчисленное множество клириков и мирян приняло мученические венцы, свидетельствуя о вере Христовой даже до смерти (Откр.12:11).
Честные мощи священномученика Владимира, митрополита Киевского и Галицкого, были обретены летом 1992 г. и положены в Ближних пещерах Киево-Печерской лавры.