Так как первый храм, построенный в Чудовом монастыре самим святителем Алексием во имя святого Архистратига Михаила, в память бывшего чуда его в Хонех, был деревянный, то случилось, что крыша его, пришедшая от долгого времени в ветхость, обрушилась во время совершения Божественной литургии, причем по устроению Божию все бывшие в это время в храме остались невредимыми. Тогда великий князь Московский Василий Васильевич Темный (1425–1462) повелел построить каменный храм. И когда внутри прежнего деревянного храма стали копать рвы для фундамента нового храма, то нашли мощи великого святителя Алексия неповрежденными и даже одежды на нем неистлевшими. Это было 20 мая 1431 года. С того времени стали чтить память святителя. В новом храме, освященном, как и прежний, во имя Архистратига Божия Михаила, был устроен придел в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, в котором и положили многоцелебные мощи святителя Алексия.
В 1484 году при настоятеле Чудова монастыря архимандрите Геннадии (с 12 декабря 1484 года – архиепископ Новгородский; память 4/17 декабря) в обители началось строительство новой трапезной с храмом во имя святителя Алексия. В 1485 году святые мощи его были перенесены в новый трапезный храм и поставлены у южной стены, где и хранились два столетия. 12 февраля 1535 года, в день памяти святителя, мощи его были переложены в новую серебряную гробницу.
20 мая 1686 года при патриархе всея России Иоакиме († 1690) мощи святителя торжественно перенесли из обветшавшего к тому времени трапезного храма в арку между новоустроенными храмом в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и храмом во имя святителя Алексия, где почивали открыто. Ныне святые мощи покоятся в Богоявленском патриаршем соборе в Москве.
Со времени открытия мощей исцеления и чудеса разного рода обильным потоком текут от святителя Божия.
