Преподобный Никон родился в 1352 году в Юрьеве-Польском. С детства имел склонность к монашеской жизни и, узнав о Сергии Радонежском, захотел стать его учеником. Придя в обитель преподобного Сергия, Никон не был принят в число братии, авва Сергий направил его к своему ученику Афанасию, игумену серпуховского Высоцкого монастыря. Никон повиновался и поступил в Высоцкий монастырь. Достигнув 30 лет, будучи рукоположённым в иеромонаха, он вновь пришёл к преподобному Сергию и был принят им в число братии Троицкого монастыря.
Видя добродетели Никона, преподобный Сергий взял его в свою келью и сделал своим учеником. За полгода до своей смерти в 1392 году, уйдя в затвор, преподобный Сергий поставил Никона игуменом Троицкого монастыря. Но Никон недолго был игуменом и вскоре после смерти своего учителя ушёл в затвор, оставив руководство монастырём преподобному Савве Сторожевскому. В 1398 году Савва по просьбе звенигородского князя Юрия Димитриевича покинул монастырь и переселился в окрестности Звенигорода, где основал свой Саввино-Сторожевский монастырь, и Никон, выйдя из затвора, вновь вернулся к управлению Троицким монастырём.
При преподобном Никоне Троицкий монастырь был полностью разрушен войсками хана Едигея в 1408 году, удалось спасти только книги и священные сосуды. Никон начал восстановление монастыря. 5 июля 1422 года при закладке каменного храма во имя Святой Живоначальной Троицы им были обретены мощи преподобного Сергия. Для украшения храма им были приглашены иконописцы Даниил Чёрный и Андрей Рублёв. Церковное предание, поддерживаемое большинством исследователей, приписывает преподобному Никону заказ Андрею Рублёву «в похвалу Сергию Радонежскому» знаменитой иконы Троицы.
Преподобный Никон скончался 17 ноября 1426 года и был погребён рядом с ракой преподобного Сергия. При митрополите Ионе Московском иеромонахом Пахомием Логофетом были написаны житие и служба преподобному Никону, а в 1547 году митрополитом Макарием было установлено его общецерковное почитание.